Macports soll ja auch benötigt werden, um Wine zu installieren.
Glaube ich jetzt mal eher nicht. Wine und das anscheinend hilfreiche Programm Winebottler werden meines Wissens "ganz normal" installiert. Mag aber sein, daß es auch eine wine-Version über MacPorts gibt - falls die nicht neuer ist oder mehr bietet, würde ich bei jedem Programm, vor die Wahl gestellt, die 'native' Version vorziehen, einfach weil sie fast immer "mac-liker" ist.
Unabhängig davon ist MacPorts, wie auch das ähnliche Fink, völlig unproblematisch und greift nicht in das System ein. Alles wird in einem eigenen Verzeichnis installiert, so daß auch keine System-Bibliotheken benutzt oder modifiziert wurden.
Der sanfte Hinweis, daß du nicht beliebig viel installieren solltest, bezog sich vermutlich nicht darauf, daß der Mac dann Probleme hat, sonder eher darauf, daß du dann leicht die Übersicht verlierst.
Vor allem, wenn es zu Problemen kommt, wird es schwierig, wenn gleichzeitig zig Programme laufen.
Wenn du gleichzeitig zig neue Sachen installierst oder ebensoviele Einstellungen änderst, ist es einfach schwierig, nachzuvollziehen, was einen Fehler verursacht, wenn denn einer auftritt. Man kann an sich leicht erkennbare Fehler nicht erkennen, man ignoriert unbewußt manche Informationen, wenn man in Foren nachfragt, weil man sie nicht in Verbindung bringt mit dem Problem oder wiel man's schlichtweg vergessen hat.
Normalerweise passiert zwar nichts, aber bei dir war es wohl eine Verkettung unglücklicher Umstände.
Entscheidend ist im Betrieb nicht, was überhaupt auf dem Rechner liegt oder explizit installiert ist, sondern was gestartet ist und aktiv.
Problematischer sind eher (seltene) mehr oder weniger "globale" Plugins, die immer aktiv sind, und auf die dann viele Programme zugreifen. Da sollte man vorsichtig sein.
Es gibt sicher einige Programme, die sich ins System einklinken und Ärger machen können, aber prinzipiell kannst du beliebig viele Programme installieren. Kritisch wird es an sich nur, wenn du bei manchen verschieden Versionen benutzen möchtest, die aber auf vordefinierte Pfade oder festgelegte Dateien zugreifen wollen. Das gibt zwangsläufig Ärger, aber das ist ja auch verständlich.
Bei allen Versuchen ist es hilfreich, kurz vorher noch ein aktuelles Backup anzulegen - TimeMachine empfiehlt sich da besonders. Gibt es Probleme, kann man auf den Zustand vor der Installation zurückgreifen, und bei TM kann man sogar danach alle in der Zwischenzeit geänderten Dateien einzeln wieder rekonstruieren (man merkt Probleme ja nicht unbedingt sofort).