Da die Probleme ja unregelmässig auftauchen, denke ich man kann nur langfristig testen.
Verursacher die mir in solchen Fällen bekannt sind, sind z.B. Timemaschine( schon angesprochen) auch wenn nicht aktiv, wird beim Ausschalten wohl etwas auf das Volumen geschrieben oder verglichen, würde din runloop eventl. erklären, diese Meldung hatte wir mal bei vergeblichen Syncversuchen, auch externe andere Geräte, die säuberlich nach der reihe abgemeldet werden können einen Hänger verursachen( in deinem Fall eventl. die FritzBox), aber es können auch Dienste quer liegen, wie Airport oder Bluetooth.
Hast du denn beim Ausschalten noch andere Programme offen oder eventl. Plugins für Programme installiert, die im Hintergrund weiterlaufen und so eventl auch quer liegen?
Im Konsolen-/oder Systemlog sollten beim Herunterfahren ja die ganzen Zeiten vermerkt sein, dort ist meist, der letzte Prozess der aufgeführt wird die Spassbremse, also vielleicht schaust du dir nochmals einen der fehlgelaufenen Shutdowns an und suchst den letzten Prozess.
Was mir sonst als Problemlösung einfallen würde, wären:
-Pram Reset( meist nur eine VooDoo Hilfe, aber ab und an kann auch das Helfen
-Ein SMU Reset( setzt das Powermanagement zurück
-löschen verschiedener Voreinstellungsdateien, hier müsste man sehen, welche dafür in Frage kämen( wird aber eigentlich nichts bringen, da das Problem in diesen 3 Fällen immer vorliegen müsste
-testen, ob bei einem neuangelegten Benutzer auch dieses Problem auftritt
-testen, ob das Problem auftritt, wenn du in den SafeMode(Shifttaste beim Start drücken) auftritt, dabei werden nur die notwendigsten Erweiterungen geladen, der Start dauert sehr lange, als übe dich beim Start in Geduld, Reparaturen werden durchgeführt, auf BootCache und ähnliches beim Start verzichtet, es könnte dann, wenn es dort nicht auftritt z.B. an einer fehlerhaften Dritterweiterung liegen.
-das neueinspielen des passenden Comboupdates, dabei werden eventl. defekte Systemdateien ersetzt
Noch ein edit, alle deine Treiber, auch eventl. für die FritzBox und Drucker etc. sind auf dem neuesten Stand?