Hilfe mit Perl Script

[quarx]

Nein, das müsste schneller gehen, 15 Minuten vielleicht. Da werden allerdings ca. 2GB Daten installiert (die Entwicklungsumgebung). Isoliert bekommt man "make" leider nicht.


Hier ist nochmal die Anleitung für das Statistik-Modul mit korrektem PREFIX:

• Im Terminal folgendes eintippen:
  

  perl -MCPAN -e shell

• Bei der Frage
  

  Are you ready for manual configuration?

  einfach no eintippen. Ansonsten die automatische Konfiguration nochmal mit

  o conf init

  erzwingen, siehe oben.
• PREFIX auf ein Unterverzeichnis des Benutzerverzeichnisses setzen (hier ~/perl) mit
  

  o conf makepl_arg PREFIX=~/perl

  und mit
  

  o conf commit

  abspeichern.
• Dann mit
  

  install Statistics::Distributions

  dieses Statistik-Paket installieren.
• Mit
  

  exit

  die Perl-Shell verlassen.

Bei mir läuft das Ganze ohne Fehlermeldung durch.

 

[chrisbiolog]

Jetzt noch ne Viertelstunde.

erzwingen, siehe oben.PREFIX auf ein Unterverzeichnis des Benutzerverzeichnisses setzen (hier ~/perl) mit
Code:
o conf makepl_arg ~/perl

Tschuldigung aber was bedeutet das mit dem PREFIX denn?
Wird dann das Modul da installiert wo es das PerlScript findet?

B.

 

[quarx]

Ja. Unterhalb des Ordners PREFIX werden die weiteren Perl-Module installiert, also dieses Statistik-Modul. Dort sollte es dann eigentlich von anderen Perl-Skripten aus aufrufbar sein.

 

[chrisbiolog]

Nochmal um Bödsinn zu vermeiden.

Soll ich jetzt genau das eingeben:

o conf makepl_arg ~/perl

oder einen anderen Pfad?

sowas wie

o conf makepl_arg /Users/MeinName/perl_libs

?

Entspricht das dann diesem Abschnitt aus dem manual?:

If you have installed Perl modules in this way before, you will see a cpan> prompt.
If this is the first time, you will be asked various questions first. Mostly these are
straightforward, but if you are not an administrator on your computer, you will wish
to specify a non-default installation location for Perl modules. To do this, when asked
for parameters for the perl Makefile.PL command, specify the directory you
wish to use as a PREFIX. E.g. if you reply as follows, modules will be installed in the
directory /home/me/perl_libs:

PREFIX=/home/me/perl_libs

Tausend Dank nochmal

B.

 

[quarx]

Nimm einfach

o conf makepl_arg PREFIX=~/OrdnerDeinerWahl

Die Schlange steht ja schon für Dein Benutzerverzeichnis /Users/DeinName. Statt OrdnerDeinerWahl kannst Du auch perl_lib nehmen, dann passt es zum Manual.

 

[chrisbiolog]

Oh ja sieht aus als hätte Alles funktioniert.

Da steht nur am Schluss:

Terminal does not support GetHistory

Was bedeutet das?

B.

 

[chrisbiolog]

Muss ich jetzt das noch machen:

After successful installation, press CTRL-D to exit. If you installed in a non-default
location, you should set your PERL5LIB environment variable so the library is
found. If you type

echo $PERL5LIB

at the Linux or OS X command prompt and it shows nothing (i.e. the PERL5LIB
variable contains nothing as yet), and if you are using the bash shell, at these lines in
your ~/.bash_profile file:

PERL5LIB=/path/to/folder
export PERL5LIB

?

Und wie macht man etwas ins ~/.bash_profile file (fucking manual not made for idiots like me).

B.

 

[quarx]

Das kommt bei mir auch. Ich vermute mal, dass man in dieser CPAN-Shell theoretisch auch mit den Pfeiltasten ältere Befehle zurückholen kann, so ähnlich wie im OS X-Terminal. Das ist ja nicht so schlimm.

Jetzt müsste man mal an die Installation von bms_runner gehen...

 

[chrisbiolog]

Nach diesem

After successful installation, press CTRL-D to exit. If you installed in a non-default
location, you should set your PERL5LIB environment variable so the library is
found. If you type

echo $PERL5LIB

at the Linux or OS X command prompt and it shows nothing (i.e. the PERL5LIB
variable contains nothing as yet), and if you are using the bash shell, at these lines in
your ~/.bash_profile file:

PERL5LIB=/path/to/folder
export PERL5LIB

Kommt dann nur noch wie man das Script mit den examplefiles startet

bms_runner -train -positive pos.txt -negative neg.txt \
-tree treefile.nex -species spp.txt \
-patterns distributions.txt

B.

 

[quarx]

Und wie macht man etwas ins ~/.bash_profile file

Nimm einen einfachen Editor, z.B. pico im Terminal und bearbeite die ~/.bash_profile:

pico ~/.bash_profile

 

[chrisbiolog]

Da erscheint das folgende:

export PATH=/usr/local/mysql/bin:$PATH

# Setting PATH for MacPython 2.5
# The orginal version is saved in .bash_profile.pysave
PATH="/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/Current/bin:${PATH}"
export PATH

Was muss ich da ändern und was bedeutet das ganze Gedöns?

B.

Nur angemerkt: Benutze derzeit kein Python oder MySQL

 

[chrisbiolog]

Das:

PERL5LIB=~/perl_libs
export PERL5LIB

dazu schreiben?

oder wohl eher das Andere ersetzen?

B.

 

[quarx]

Da wurde wohl irgendwann mal MacPython installiert.

Ergänze am Ende des Files einfach

export PERL5LIB=~/perl_libs

bzw. statt perl_libs den von Dir gewählten Ordner bei PREFIX.

Danach das Terminal mal neu starten.


Edit: Ach, Du hast es schon.

 

[chrisbiolog]

Ich kann da irgendwie nur am Anfang was einfügen.

Dann mit `^X beenden?

B.

 

[quarx]

Ja, und abspeichern lassen (Yes). Dann Terminal neu starten.

 

[chrisbiolog]

Hey Super!

Tausend Dank für die geduldige Hilfe.

Nun muss ich mal schauen, wie ich mit dem fantastischen Manual weiter zu potte komme.

Schönen Abend noch

Gruss

B.