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Hilfe mit Perl Script

Dieses Thema im Forum "Unix & Terminal" wurde erstellt von chrisbiolog, 08.01.09.

  1. chrisbiolog

    chrisbiolog Becks Apfel (Emstaler Champagner)

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    Hallo Apple User!

    Ich habe ein Perl-Script, das ich dringend zum laufen bringen sollte.
    Generell hab ich keine Erfahrung mit Perl (und auch nur minimal sonst mit Terminal Benutzung) und es genügt mir auch definitiv, wenn ich diese Script zum laufen bringe.

    Es wäre super nett, wenn mir jemand dabei helfen könnte.
    Es geht um das Script+Manual das Ihr auf der folgenden Seite findet

    http://biology.st-andrews.ac.uk/cegg/bmsrunner.aspx

    das hier

    ist gerade mein Problem.

    Ich weiss nicht wo ich das benötigte modul installiert habe und wenn ich versuche etwas in mein

    einzufügen, bekomme ich die Meldung: permission denied. Ich dachte hier wäre evtl das problem das ich irgendwie nicht als root angemeldet bin (das ist aber ur eine Vermutung einer Unwissenden).

    Wär super nett, wenn mir jemand helfen könnte. Ich denke für jemand der sich damit auskennt, benötigt das Ganze sicher nur wenige Minuten Aufwand.

    Herzlichen Dank schon mal im Voraus.

    B.
     
  2. MacAlzenau

    MacAlzenau Golden Noble

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    Da das für jemanden, der ein bißchen programmiert, wirklich völlig unkompliziert sein sollte, wundert mich, daß keine Antwort kommt.

    Ich kann dir nur sagen, daß du natürlich wissen müsstest, in welchem Verzeichnis diese PERL5LIB steckt, um sie im Pfad eintragen zu können, aber das sollte aus dem ReadMe dazu erkennbar sein. Falls du sie nicht selbst installiert hast und sie zum Standard-Umfang von PERL gehört, müsste sie in /Library/Perl oder in System/Library/Perl stecken.
    Statistics/Distributions.pm wird jedenfalls offensichtlich in den beiden gesucht.

    Da ~/.bash_profile in deinem Homeverzeichnis steckt, dürfte man dafür auch keine Root-Rechte benötigen. Wenn doch, kannst du sie dir ja mit einem
    sudo
    vor dem eigentlichen Befehl vorübergehend zuweisen. Paßwort wird abgefragt, aber nicht angezeigt.
    Falls du nicht mit Admin-Rechten arbeitest, musst du vorher mit
    su [Name eines Admins] eine Rechte-Stufe höherklettern.

    Nach meinen geringen UNIX-/Terminalkenntnissen wird dort aber eigentlich der Pfad zum UNIX-Programm bzw. zum Befehl eingetragen, nicht zu Bibliotheken. Das kann man natürlich umgehen, indem man zuerst in das Verzeichnis wechselt, in dem bms_runner liegt. Dann muß man das Programm vermutlich mit
    ./bms_runner
    starten.
     
  3. chrisbiolog

    chrisbiolog Becks Apfel (Emstaler Champagner)

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    Danke erst mal für die Antwort. Hilft mir derzeit nicht so richtig weiter.

    Wie finde ich denn das ReadMe der PERL5LIB?

    Danke für den SUDO Tip. Bezüglich des
    Ich geb ja nur wieder was im Manual steht und die Typen, die das geschrieben haben sind definitiv extrem gut in dem was sie tun. Daher habe ich keinen Grund dem zu Misstrauen. Im Zweifelsfall kanns nur an meiner eigenen Blödheit liegen.

    Vielleicht kann mir jemand sagen wie ich PERL deinstallieren kann.

    Dann könnte ich nochmal genau nach Manual vorgehen.

    Ansonsten hier nochmal die ganze Anweisung aus dem Manual:

    Nochmals Danke im Voraus.

    B.
     
  4. MacAlzenau

    MacAlzenau Golden Noble

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    Also ich habe mal versucht, das Statistikpaket bei mir zu installieren - sowas kann man ja immer mal brauchen, und irgendwo auf meiner Liste für 2009 steht sowieso, etwas Perl zu lernen.
    Klappt aber nicht, auch wenn ich den automatischen Weg nehme - ich bekomme nach einiger Zeit und vielen Meldungen im Terminal die Meldung:
    "Cannot install Statistics:Distributions, don't know what it is."

    Alles was mit den Pfadangaben zu tun hat, kannst du aber eigentlich vergessen - das bezieht sich nur auf den Fall, daß du für Statistics:Distributions ein anderes Verzeichnis auswählst als das, was beim automatischen Installieren vorgegeben wird.
    Das heißt, daß bms_runner das Paket eigentlich finden müsste, wenn es installiert wurde.

    Nur zur Sicherheit: dir ist klar, daß die Angaben /home/me und /path/to/folder nur Platzhalter sind für die kompletten Pfade?
    Pfade gibst du im Terminal am besten ein, indem du den Befehl tippst, dann Leerzeichen, und dann mit der Maus das gewünschte Verzeichnis aus dem Finder ins Terminal ziehst. Da gibt es auch keine Probleme mit Sonderzeichen oder Leerzeichen im Pfadnamen.

    Das Readme... keine Ahnung, ob es das gibt - ich hatte angenommen, diese PERL5LIB wäre eine Datei, die du geladen und installiert hast, dann wäre es wohl im Ordner dabei gewesen.

    Na wenigstens konnte ich mit dem sudo-Tipp ein wönziges bößchen hölfen.
     
  5. MacAlzenau

    MacAlzenau Golden Noble

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    Ich hab's nochmal vom Admin-Account aus versucht, gleicher Abbruch nach langem Laden und (Teil?)Installieren.
    Allerdings habe ich jetzt rausbekommen, daß es im Homeverzeichnis einen im Finder unsichtbaren Ordner .cpan gibt, in dem Module installiert werden.
     
  6. quarx

    quarx Hadelner Sommerprinz

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    Zunächst mal zur Installation von [noparse]Statistics::Distributions[/noparse] (Perl in der Version 5 ist bei OS X schon dabei):
    • Im Terminal folgendes eintippen:
      Code:
      perl -MCPAN -e shell
    • Bei der Frage
      Code:
      Are you ready for manual configuration?
      einfach no eintippen.
    • Dann mit
      Code:
      install Statistics::Distributions
      dieses Statistik-Paket installieren.
    Klappt das soweit?
     
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  7. MacAlzenau

    MacAlzenau Golden Noble

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    Laß dich drücken, quarx - bei dir ist das so schön übersichtlich.
    Ich Depp habe natürlich immer Statistics:Distributions eingetippt, mit nur einem Doppelpunkt...

    Wie kriegt man denn diese blöden Smilies weg?
     
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  8. chrisbiolog

    chrisbiolog Becks Apfel (Emstaler Champagner)

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    Hallo all jenen die versuchen mir mitsamt meiner Blödheit zu helfen.

    Also diese Anfangscodes hab ich schon vor längerer Zeit eingegeben daher kommt das mit der manuellen Konfiguration nicht.

    Wenn ich dann versuche das Modul zu installieren bekomme ich folgendes:

    Ich bin mir leider nicht ganz sicher ob ich da in meiner Dämlichkeit nicht irgendwas komisches Konfiguriert habe.
    Das sind die Angaben die mit

    Code:
    o conf
    erscheinen

    Wie man sieht war MacAlzenaus hinweis nicht unangebracht und ich schäme mich nahezu in Grund und Boden für diese Dämlichkeit.

    Nachdem ich es tat ist mir auch sofort aufgefallen wie dämlich das war, jedoch weiss ich nicht wie ich das nun wieder ändern kann.

    Ich bitte daher erstens um Nachsicht angesichts meinerunintelligenten Tat und andererseits um weitere Hilfsvorschläge.

    Danke!!!

    B.
     
  9. s23

    s23 Seidenapfel

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    Beim Eingeben eines Beitrages gibts unten nen Feld "Grafische Smileys deaktivieren". :)
     
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  10. quarx

    quarx Hadelner Sommerprinz

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    Du musst [noparse][noparse]Statistics::Distributions[/noparse][/noparse] schreiben, dann werden nicht automatisch Smilies gesetzt. ;)

    Edit: oder so wie s23 sagt. :innocent:
     
  11. quarx

    quarx Hadelner Sommerprinz

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    Mit
    Code:
    o conf init
    kannst Du die Konfiguration nochmal neu anstoßen.
     
  12. chrisbiolog

    chrisbiolog Becks Apfel (Emstaler Champagner)

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    Oh wow sowas brauchte ich.
    Allerdings kann es mein make program nicht finden

    Wie kann ich das denn wieder finden und an den üblichen Pfad zurückverfrachten?

    B.
     
  13. MacAlzenau

    MacAlzenau Golden Noble

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    Muß man da irgendwo 'sudo' verwenden?
    Ich bekomme sowohl als Nur-User als auch als Admin ganz am Schluß der Installation die Meldung, daß mir die Rechte fehlen.
    Wenn ja, gleich beim ersten Befehl oder dann in der cpan-Shell?

    Running make install
    Warning: You do not have permissions to install into /Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level at /System/Library/Perl/5.8.8/ExtUtils/Install.pm line 114.
    mkdir /usr/local/share/man/man3: Permission denied at /System/Library/Perl/5.8.8/ExtUtils/Install.pm line 112
    make: *** [pure_site_install] Error 13
    /usr/bin/make install -- NOT OK


    Edit: Aber kümmert euch erstmal um unsere Biologin - die braucht das Programm, ich spiel nur rum und hoffe, was zu lernen.
     
  14. quarx

    quarx Hadelner Sommerprinz

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    Für make brauchst Du die Developer Tools (Xcode). Hast Du die System-DVD zur Hand? Davon kannst Du Xcode nachinstallieren.
    Ich glaube nicht, es sollte sich alles in Deinem Homeverzeichnis abspielen.
     
  15. chrisbiolog

    chrisbiolog Becks Apfel (Emstaler Champagner)

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    Nein die sind natürlich zu Hause und da bin ich leider nich.

    Gibts nen anderen Weg?

    B.

    P.S.: Danke MacAlzenau
     
  16. quarx

    quarx Hadelner Sommerprinz

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    Ja: Registriere Dich kostenlos bei der Apple Developer Connection und lade die aktuellste Version von Xcode herunter.
     
  17. quarx

    quarx Hadelner Sommerprinz

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    Bei mir kommt (ohne sudo, OS X Leopard)

    [noparse]Running make install
    Installing /Library/Perl/5.8.8/auto/Statistics/Distributions/autosplit.ix
    Installing /Library/Perl/5.8.8/Statistics/Distributions.pm
    Installing /usr/local/share/man/man3/Statistics::Distributions.3pm
    Writing /Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/auto/Statistics/Distributions/.packlist
    Appending installation info to /System/Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/perllocal.pod
    /bin/sh: /System/Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/perllocal.pod: Permission denied
    make: [doc_site_install] Error 1 (ignored)
    /usr/bin/make install -- OK[/noparse]


    Ob das jetzt kritisch ist, weiß ich noch nicht. Normalerweise laufen Perl-Module auch aus dem Homeverzeichnis heraus.


    Edit: Ach ich Depp, ich habe kein PREFIX angegeben. Moment...
     
  18. chrisbiolog

    chrisbiolog Becks Apfel (Emstaler Champagner)

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    Puuh das dauerte ja länger als ich dachte. Xcode hab ich jetzt runtergeladen, Das DiskImage ganz normal doppelklicken?

    Sorry will nich wieder was verbocken.

    B.
     
  19. quarx

    quarx Hadelner Sommerprinz

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    Ja, doppelklicken. Du brauchst dann "nur" XcodeTools.mpkg, das ebenfalls doppelklicken. Mehr Doku zur Installation gibt's hier.
     
  20. chrisbiolog

    chrisbiolog Becks Apfel (Emstaler Champagner)

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    Die Installation dauert eine Stunde?
    Sagt mein Mac jedenfalls.

    B.
     

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