Hilfe mit Perl Script

[chrisbiolog]

Hallo Apple User!

Ich habe ein Perl-Script, das ich dringend zum laufen bringen sollte.
Generell hab ich keine Erfahrung mit Perl (und auch nur minimal sonst mit Terminal Benutzung) und es genügt mir auch definitiv, wenn ich diese Script zum laufen bringe.

Es wäre super nett, wenn mir jemand dabei helfen könnte.
Es geht um das Script+Manual das Ihr auf der folgenden Seite findet

http://biology.st-andrews.ac.uk/cegg/bmsrunner.aspx

das hier

you should set your PERL5LIB environment variable so the library is
found

ist gerade mein Problem.

Ich weiss nicht wo ich das benötigte modul installiert habe und wenn ich versuche etwas in mein

these lines in
your ~/.bash_profile file

einzufügen, bekomme ich die Meldung: permission denied. Ich dachte hier wäre evtl das problem das ich irgendwie nicht als root angemeldet bin (das ist aber ur eine Vermutung einer Unwissenden).

Wär super nett, wenn mir jemand helfen könnte. Ich denke für jemand der sich damit auskennt, benötigt das Ganze sicher nur wenige Minuten Aufwand.

Herzlichen Dank schon mal im Voraus.

B.

 

[MacAlzenau]

Da das für jemanden, der ein bißchen programmiert, wirklich völlig unkompliziert sein sollte, wundert mich, daß keine Antwort kommt.

Ich kann dir nur sagen, daß du natürlich wissen müsstest, in welchem Verzeichnis diese PERL5LIB steckt, um sie im Pfad eintragen zu können, aber das sollte aus dem ReadMe dazu erkennbar sein. Falls du sie nicht selbst installiert hast und sie zum Standard-Umfang von PERL gehört, müsste sie in /Library/Perl oder in System/Library/Perl stecken.
Statistics/Distributions.pm wird jedenfalls offensichtlich in den beiden gesucht.

Da ~/.bash_profile in deinem Homeverzeichnis steckt, dürfte man dafür auch keine Root-Rechte benötigen. Wenn doch, kannst du sie dir ja mit einem
sudo
vor dem eigentlichen Befehl vorübergehend zuweisen. Paßwort wird abgefragt, aber nicht angezeigt.
Falls du nicht mit Admin-Rechten arbeitest, musst du vorher mit
su [Name eines Admins] eine Rechte-Stufe höherklettern.

Nach meinen geringen UNIX-/Terminalkenntnissen wird dort aber eigentlich der Pfad zum UNIX-Programm bzw. zum Befehl eingetragen, nicht zu Bibliotheken. Das kann man natürlich umgehen, indem man zuerst in das Verzeichnis wechselt, in dem bms_runner liegt. Dann muß man das Programm vermutlich mit
./bms_runner
starten.

 

[chrisbiolog]

Danke erst mal für die Antwort. Hilft mir derzeit nicht so richtig weiter.

Wie finde ich denn das ReadMe der PERL5LIB?

Danke für den SUDO Tip. Bezüglich des

Nach meinen geringen UNIX-/Terminalkenntnissen wird dort aber eigentlich der Pfad zum UNIX-Programm bzw. zum Befehl eingetragen, nicht zu Bibliotheken. Das kann man natürlich umgehen, indem man zuerst in das Verzeichnis wechselt, in dem bms_runner liegt. Dann muß man das Programm vermutlich mit
./bms_runner
starten.

Ich geb ja nur wieder was im Manual steht und die Typen, die das geschrieben haben sind definitiv extrem gut in dem was sie tun. Daher habe ich keinen Grund dem zu Misstrauen. Im Zweifelsfall kanns nur an meiner eigenen Blödheit liegen.

Vielleicht kann mir jemand sagen wie ich PERL deinstallieren kann.

Dann könnte ich nochmal genau nach Manual vorgehen.

Ansonsten hier nochmal die ganze Anweisung aus dem Manual:

Manual for bms_runner script p. 3 of 12
bms_runner requires that the Perl module Statistics:istributions has
been installed. This is available from the Comprehensive Perl Archive Network
(CPAN, http://www.cpan.org). We have tested bms_runner with
Statistics:istributions version 1.02. One method of installing the latest
release of Statistics:istributions is as follows. First enter this
command at the shell prompt:

perl -MCPAN -e shell

If you have installed Perl modules in this way before, you will see a cpan> prompt.
If this is the first time, you will be asked various questions first. Mostly these are
straightforward, but if you are not an administrator on your computer, you will wish
to specify a non-default installation location for Perl modules. To do this, when asked
for parameters for the perl Makefile.PL command, specify the directory you
wish to use as a PREFIX. E.g. if you reply as follows, modules will be installed in the
directory /home/me/perl_libs:

PREFIX=/home/me/perl_libs

Anyway, to download, test and install the necessary package, type this at the cpan>
prompt:

install Statistics:istributions

After successful installation, press CTRL-D to exit. If you installed in a non-default
location, you should set your PERL5LIB environment variable so the library is
found. If you type

echo $PERL5LIB

at the Linux or OS X command prompt and it shows nothing (i.e. the PERL5LIB
variable contains nothing as yet), and if you are using the bash shell, at these lines in
your ~/.bash_profile file:

PERL5LIB=/path/to/folder
export PERL5LIB

If echo $PERL5LIB shows it does contain some folders already, instead add these
lines in your ~/.bash_profile file:

PERL5LIB=$PERL5LIB:/path/to/folder
export PERL5LIB

In either case, replace /path/to/folder with the path of the directory containing
Statistics. Next time you start a command window, PERL5LIB will be set to
the value you have specified and bms_runner should be able to find the module.

Nochmals Danke im Voraus.

B.

 

[MacAlzenau]

Also ich habe mal versucht, das Statistikpaket bei mir zu installieren - sowas kann man ja immer mal brauchen, und irgendwo auf meiner Liste für 2009 steht sowieso, etwas Perl zu lernen.
Klappt aber nicht, auch wenn ich den automatischen Weg nehme - ich bekomme nach einiger Zeit und vielen Meldungen im Terminal die Meldung:
"Cannot install Statisticsistributions, don't know what it is."

Alles was mit den Pfadangaben zu tun hat, kannst du aber eigentlich vergessen - das bezieht sich nur auf den Fall, daß du für Statisticsistributions ein anderes Verzeichnis auswählst als das, was beim automatischen Installieren vorgegeben wird.
Das heißt, daß bms_runner das Paket eigentlich finden müsste, wenn es installiert wurde.

Nur zur Sicherheit: dir ist klar, daß die Angaben /home/me und /path/to/folder nur Platzhalter sind für die kompletten Pfade?
Pfade gibst du im Terminal am besten ein, indem du den Befehl tippst, dann Leerzeichen, und dann mit der Maus das gewünschte Verzeichnis aus dem Finder ins Terminal ziehst. Da gibt es auch keine Probleme mit Sonderzeichen oder Leerzeichen im Pfadnamen.

Das Readme... keine Ahnung, ob es das gibt - ich hatte angenommen, diese PERL5LIB wäre eine Datei, die du geladen und installiert hast, dann wäre es wohl im Ordner dabei gewesen.

Na wenigstens konnte ich mit dem sudo-Tipp ein wönziges bößchen hölfen.

 

[MacAlzenau]

Ich hab's nochmal vom Admin-Account aus versucht, gleicher Abbruch nach langem Laden und (Teil?)Installieren.
Allerdings habe ich jetzt rausbekommen, daß es im Homeverzeichnis einen im Finder unsichtbaren Ordner .cpan gibt, in dem Module installiert werden.

 

[quarx]

Zunächst mal zur Installation von [noparse]Statistics:istributions[/noparse] (Perl in der Version 5 ist bei OS X schon dabei):

• Im Terminal folgendes eintippen:
  

  perl -MCPAN -e shell

• Bei der Frage
  

  Are you ready for manual configuration?

  einfach no eintippen.
• Dann mit
  

  install Statistics::Distributions

  dieses Statistik-Paket installieren.

Klappt das soweit?

 

[MacAlzenau]

Laß dich drücken, quarx - bei dir ist das so schön übersichtlich.
Ich Depp habe natürlich immer Statisticsistributions eingetippt, mit nur einem Doppelpunkt...

Wie kriegt man denn diese blöden Smilies weg?

 

[chrisbiolog]

Hallo all jenen die versuchen mir mitsamt meiner Blödheit zu helfen.

Also diese Anfangscodes hab ich schon vor längerer Zeit eingegeben daher kommt das mit der manuellen Konfiguration nicht.

Wenn ich dann versuche das Modul zu installieren bekomme ich folgendes:

Running install for module Statistics:istributions
Running make for M/MI/MIKEK/Statistics-Distributions-1.02.tar.gz
Is already unwrapped into directory /Users/birgitlemcke/.cpan/build/Statistics-Distributions-1.02
Has already been processed within this session
Running make test
Can't test without successful make
Running make install
make had returned bad status, install seems impossible

Ich bin mir leider nicht ganz sicher ob ich da in meiner Dämlichkeit nicht irgendwas komisches Konfiguriert habe.
Das sind die Angaben die mit

o conf

erscheinen

CPAN::Config options and /Users/birgitlemcke/.cpan/CPAN/MyConfig.pm:
commit Commit changes to disk
defaults Reload defaults from disk
init Interactive setting of all options

build_cache 10
build_dir /Users/birgitlemcke/.cpan/build
cache_metadata 1
cpan_home /Users/birgitlemcke/.cpan
dontload_hash
ftp /usr/bin/ftp
ftp_proxy
getcwd cwd
gpg /usr/local/bin/gpg
gzip /usr/bin/gzip
histfile /Users/birgitlemcke/.cpan/histfile
histsize 100
http_proxy
inactivity_timeout 0
index_expire 1
inhibit_startup_message 0
keep_source_where /Users/birgitlemcke/.cpan/sources
lynx
make
make_arg
make_install_arg
makepl_arg PREFIX=/home/me/perl_libs
ncftp
ncftpget
no_proxy
pager /usr/bin/less
prerequisites_policy ask
scan_cache atstart
shell /bin/bash
tar /usr/bin/tar
term_is_latin 1
unzip /usr/bin/unzip
urllist
ftp://ftp.solnet.ch/mirror/CPAN/
ftp://mirror.switch.ch/mirror/CPAN/
wget

Wie man sieht war MacAlzenaus hinweis nicht unangebracht und ich schäme mich nahezu in Grund und Boden für diese Dämlichkeit.

Nur zur Sicherheit: dir ist klar, daß die Angaben /home/me und /path/to/folder nur Platzhalter sind für die kompletten Pfade?

Nachdem ich es tat ist mir auch sofort aufgefallen wie dämlich das war, jedoch weiss ich nicht wie ich das nun wieder ändern kann.

Ich bitte daher erstens um Nachsicht angesichts meinerunintelligenten Tat und andererseits um weitere Hilfsvorschläge.

Danke!!!

B.

 

[s23]

Laß dich drücken, quarx - bei dir ist das so schön übersichtlich.
Ich Depp habe natürlich immer Statisticsistributions eingetippt, mit nur einem Doppelpunkt...

Wie kriegt man denn diese blöden Smilies weg?

Beim Eingeben eines Beitrages gibts unten nen Feld "Grafische Smileys deaktivieren".

 

[quarx]

Wie kriegt man denn diese blöden Smilies weg?

Du musst [noparse][noparse]Statistics:istributions[/noparse][/noparse] schreiben, dann werden nicht automatisch Smilies gesetzt.

Edit: oder so wie s23 sagt.

 

[quarx]

Also diese Anfangscodes hab ich schon vor längerer Zeit eingegeben daher kommt das mit der manuellen Konfiguration nicht.

Mit

o conf init

kannst Du die Konfiguration nochmal neu anstoßen.

 

[chrisbiolog]

Oh wow sowas brauchte ich.
Allerdings kann es mein make program nicht finden

Warning: make not found in PATH
Where is your make program? []

Wie kann ich das denn wieder finden und an den üblichen Pfad zurückverfrachten?

B.

 

[MacAlzenau]

Muß man da irgendwo 'sudo' verwenden?
Ich bekomme sowohl als Nur-User als auch als Admin ganz am Schluß der Installation die Meldung, daß mir die Rechte fehlen.
Wenn ja, gleich beim ersten Befehl oder dann in der cpan-Shell?

Running make install
Warning: You do not have permissions to install into /Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level at /System/Library/Perl/5.8.8/ExtUtils/Install.pm line 114.
mkdir /usr/local/share/man/man3: Permission denied at /System/Library/Perl/5.8.8/ExtUtils/Install.pm line 112
make: *** [pure_site_install] Error 13
/usr/bin/make install -- NOT OK

Edit: Aber kümmert euch erstmal um unsere Biologin - die braucht das Programm, ich spiel nur rum und hoffe, was zu lernen.

 

[quarx]

Allerdings kann es mein make program nicht finden

Für make brauchst Du die Developer Tools (Xcode). Hast Du die System-DVD zur Hand? Davon kannst Du Xcode nachinstallieren.

Muß man da irgendwo 'sudo' verwenden?

Ich glaube nicht, es sollte sich alles in Deinem Homeverzeichnis abspielen.

 

[chrisbiolog]

Nein die sind natürlich zu Hause und da bin ich leider nich.

Gibts nen anderen Weg?

B.

Edit: Aber kümmert euch erstmal um unsere Biologin - die braucht das Programm, ich spiel nur rum und hoffe, was zu lernen.

P.S.: Danke MacAlzenau

 

[quarx]

Gibts nen anderen Weg?

Ja: Registriere Dich kostenlos bei der Apple Developer Connection und lade die aktuellste Version von Xcode herunter.

 

[quarx]

Running make install
Warning: You do not have permissions to install into /Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level at /System/Library/Perl/5.8.8/ExtUtils/Install.pm line 114.
mkdir /usr/local/share/man/man3: Permission denied at /System/Library/Perl/5.8.8/ExtUtils/Install.pm line 112
make: *** [pure_site_install] Error 13
/usr/bin/make install -- NOT OK

Bei mir kommt (ohne sudo, OS X Leopard)

[noparse]Running make install
Installing /Library/Perl/5.8.8/auto/Statistics/Distributions/autosplit.ix
Installing /Library/Perl/5.8.8/Statistics/Distributions.pm
Installing /usr/local/share/man/man3/Statistics:istributions.3pm
Writing /Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/auto/Statistics/Distributions/.packlist
Appending installation info to /System/Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/perllocal.pod
/bin/sh: /System/Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/perllocal.pod: Permission denied
make: [doc_site_install] Error 1 (ignored)
/usr/bin/make install -- OK[/noparse]

Ob das jetzt kritisch ist, weiß ich noch nicht. Normalerweise laufen Perl-Module auch aus dem Homeverzeichnis heraus.


Edit: Ach ich Depp, ich habe kein PREFIX angegeben. Moment...

 

[chrisbiolog]

Puuh das dauerte ja länger als ich dachte. Xcode hab ich jetzt runtergeladen, Das DiskImage ganz normal doppelklicken?

Sorry will nich wieder was verbocken.

B.

 

[quarx]

Ja, doppelklicken. Du brauchst dann "nur" XcodeTools.mpkg, das ebenfalls doppelklicken. Mehr Doku zur Installation gibt's hier.

 

[chrisbiolog]

Die Installation dauert eine Stunde?
Sagt mein Mac jedenfalls.

B.