Die Frage, ob USB3.0 oder Thunderbolt ist eher keine Frage der Geschwindigkeit. Fast alle Consumer-USB3.0-Gehäuse haben sich als schnell(er) erwiesen. Die Vorteile von Thunderbolt liegen bei der Kombination aus Flexibilität (Daisy Chaining, d.h. hintereinanderkoppeln), Stabilität (nur zertifizierte Lösungen, integrierte Treiber, Vorauswahl der Anbieter) und dabei sehr hoher Geschwindigkeit. Der Nachteil sind die hohen Kosten. Aber aus den genannten Vorteilen sieht man schon, wann man TB erwägen sollte.
Für den normalen User, der sehr preisbewußt ist, hohe Leistung will und privat nutzt, reicht USB3.0 völlig aus; mehr noch, die Gehäuse werden sogar schneller sein - mit dem Quirk, dass eventuell, vielleicht, möglicherweise ein Problem aus USB-Chipsatz und USB-Hostadapter auftaucht, der vorher nicht bekannt war und sehr schwer zu troubleshooten ist. Die Wahrscheinlichkeit dafür ist aber überschaubar und wenn, dann hat man immer noch nur einen Bruchteil einer TB-Lösung in den Sand gesetzt.
Ich rate also zu USB3.0.
Eine SSHD bringt meiner Meinung nach keinen wesentlichen Vorteil an USB3.0, weil sie eher als preisgünstige Variante für SSDs für den Einsatz als Bootlaufwerk konstruiert sind, ich kann diese Skeptik aber mangels Equipment nicht validieren. Eine SSD wäre eine tolle Sache, aber mit ca. 400 Euro für eine MX200 aber auch nicht ganz preiswert - und, sofern Du kein Bootlaufwerk extern oder eine Videoschnittplatte für 4k möchtest, auch nicht nötig. Es reicht also eine HD für um die 80 Euro für 1TB.
Beim Gehäuse rate ich, auf Unterstützung des Standards "UASP" zu achten. Gerade kleine Dateien werden damit deutlich schneller übertragen; eine Disziplin, in der USB sonst immer schon krankte bis zum Erbrechen, weil die Datenrate absolut einbrach.