ich bin auch nicht ganz sicher worauf du hinaus willst, aber hier mal meine gedanken zum thema.
a) HTML ist keine Programmier-/Skriptsprache, sondern eine Darstellungs-Methode. Daher ist es erst einmal völlig wurscht, mit welchen Rechte dies läuft.
b) anders sieht es tatsächlich mit PHP und JavaScript aus. PHP ist eine ganz normale Skriptsprache, die weder HTML noch einen Browser benötigt, du kannst problemlos PHP-Applikationen schreiben, die lokal laufen. Allerdings ist PHP auf die Integration in einen Webserver ausgerichtet, andere Views sind relativ mühsam (ausser du akzeptierst eine Applikation, die im Terminal mit Ascii-Grafik läuft). Möglich, aber mühsamer als mit jeder Sprache, die auf Desktop-Applikationen ausgerichtet ist.
Die Fokussierung auf einen Webserver ist jedoch kein übermässiges Problem - bsp. kannst du unter OS X ja einfach den Webserver starten, die httpd.conf anpassen und schwups läuft in deinem Sites-Ordner jede PHP-Web-Applikation die du begehrst. Mit Systemaufrufen und der Shell/Applescript-Bridge osascript kannst du dabei auch fremde Desktop-Applikationen ansteuern.
c) das mit den Rechten ist ein anderer Punkt, und gerade dein zitierter WSH zeigt sehr deutlich, weshalb man dies tunlichst vermeiden sollte - ich gehe davon aus, dass auch Microsoft die Einführung von WSH unterdessen bitterlich bereut - relativ ein enges Anwendungsfeld, aber gigantische Sicherheitsprobleme. JavaScript ist per Definition auf den Betrieb im Sandkasten des Browser ausgelegt, alles andere führt nur zu massivsten Schwierigkeiten. Auch sollte man Javascript nicht als Programmiersprache missbrauchen, sondern nur als Methode, um die View (also meistens die Browser-Darstellung) zu manipulieren.
d) für die von dir zitierten Anwendungsbeispiele gibt es jede Menge Möglichkeiten, dies einfacher zu lösen als mit PHP/JS. Angefangen mit Filemaker über TCL/TK, Python bis zu richtigen Programmiersprachen wie Java oder Mac-spezifisch Objective-C (da kriegst du mit Core Data und Cocoa Bindings die von dir erwähnten Applikationen mehr oder weniger frei Haus geliefert, ohne Programmieren zu müssen).
e) Programmiersprachen und APIs sind immer auf spezifische Anwendungen und Bedürfnisse zurecht geschneidert, und genau dies sollte man ausnützen. Das Verbiegen einer Programmiersprache für einen anderen Zweck kommt fast immer schief raus, viel sinnvoller ist es, kurz eine andere Sprache, die mehr auf dieses Feld ausgerichtet ist, zu lernen und dann diese einzusetzen. Es erfordert am Anfang einen gewissen Mehraufwand (wobei fast alle programmiersprachen sehr verwandt sind, wenn man in einer Sprache mal gut programmieren kann, ist ein Wechsel in den meisten Fällen nicht mehr schwer), zahlt sich aber sehr rasch aus - sowohl beim Release 1, weil viele Sachen frei Haus geliefert werden, als auch bei den fortfolgenden Releases, weil man in Release 1 schöneren Code erstellen konnte.
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