Sei nicht böse über die Kürze meines Posts, aber das wird zum einen sehr oft im Forum besprochen, zum anderen hängt es wirklich stark von deinem eigenen Workflow ab, auf welches Programm du dann im Endeffekt setzt:
Evernote, Devonthink, Omnioutliner, ...
Am besten suchst du im Forum nach Devonthink, da dieses Programm in so ziemlich jedem Thread zum Thema genannt wird und du somit auch auf weitere Programme stößt.
Ich würde die drei von mir genannten Programme in der Reihenfolge testen.
Evernote bietet schon einiges.
Tipps:
- natürlich kannst du auch normal Text von einer HP per Copy&Paste einfügen, man kann aber auch auf Drucken klicken und "PDF/Save PDF to [Programm hier einsetzen]"
auswählen. Das ist vorallem interessant, wenn Seiten eine eigene Druckversion anbieten.
- für Evernote gibt es sowohl ein Safari-Plugin, als auch ein Firefox Addon, das dich bei dem Sammeln von Informationen unterstützt, Devonthink bietet ähnliches
- einen optimalen Einstieg in die genannten Programme bieten dir die Screencasts auf deren HP!
- für Notizen in PDFs bzw. Markierungen verwende ich Skim. D.h. mein Workflow: Ich habe entweder Devonthink od. Evernote offen, schicke PDFs an die Programme und im Nachhinein strukturiere ich die Notizen mit Skim. (Rechtsklick im entsprechenden Programm auf das Dokument und dann "Open with Skim" auswählen)
EDIT
Du kannst dir auch das hier ansehen:
http://www.zotero.org/. Ich kenne es selber nicht, habe erst gestern davon gelesen und es ist vermutlich nicht genau das, wonach du suchst.
EDIT2
Solltest du in erster Linie PDFs verwalten wollen, dann gibt es noch YEP, Papers, ... . Papers bietet z.B. auch eine direkte Anbindung an Wissensdatenbanken an.