Workflow fürs wissenschaftliche Arbeiten

[Walli]

Ich verwalte Papers und eBooks mit Papers (geniale Software, sobald man einmal alle Papers erfasst hat). Damit mache ich auch meine Recherchen (via Scholar, JSTOR usw.). Für Schüler, Studenten und Doktoranden kostet es übrigens nur knapp 20 Euro, was ich ziemlich in Ordnung finde.
Schreiben tue ich mit Latex (TeXShop + LaTeX Distri aus Macports) und meine Grafiken mache ich mit Adobe Illustrator, wobei das eher selten vorkommt, denn in der Hauptsache binde ich Resultate ein, und die werden eh direkt in Octave oder Paraview gerendert.

 

[quarx]

Ich verwalte Papers und eBooks mit Papers (geniale Software, sobald man einmal alle Papers erfasst hat). Damit mache ich auch meine Recherchen (via Scholar, JSTOR usw.). Für Schüler, Studenten und Doktoranden kostet es übrigens nur knapp 20 Euro, was ich ziemlich in Ordnung finde.

Laut Webseite sind es 29€, wie läuft das mit diesem 40%-Coupon? Was kann Papers im Vergleich zu JabRef besser, außer der Anbindung an Google Scholar /JSTOR/...?

Und könnte jemand der Papers-Verfechter mal bitte diesen Abschnitt bei Wikipedia vervollständigen?

 

[Walli]

Laut Webseite sind es 29€, wie läuft das mit diesem 40%-Coupon?

Man schickt entweder eine Scan des Studienausweises per Mail oder man schickt einen Link, dass man irgendwo auf einer Uni-Seite als Mitglied eines Instituts o.ä. gelistet ist (hab ich so gemacht). Dann kommt recht schnell der Coupon-Code, den man bei der Bestellung angeben kann. Zu den 29 Euro minus 40% kamen dann noch 19% MwSt und man ist bei knapp 20,70 Euro gelandet.

Was kann Papers im Vergleich zu JabRef besser, außer der Anbindung an Google Scholar /JSTOR/...?

Ich habe JabRef nie verwendet, allerdings sieht es auf den Screenshots so aus, als würde JabRef keinen besonders Mac-artigen Workflow haben, weil es keine native Oberfläche besitzt (ähnliche Probleme habe ich bei Gimp, Inkscape usw.). Ist aber nur eine Vermutung! Ansonsten schaut JabRef auch ganz gut und komplett aus. Die Qualität des BibTeX-Exports von Papers muss ich auch mal genauer unter die Lupe nehmen. Ich benutze es erst seit wenigen Wochen und habe die Quellen für mein Paper was ich gerade schreibe noch alle parallel in BibDesk verwaltet weil ich noch nicht die Zeit gefunden habe das umzustellen. Aber ich vermute, dass das auch reibungslos funktionieren wird. Was mich bei Papers auch reizt, ist die iPhone/iPad App, die man dazu kaufen kann. Dann wird die ganze Bibliothek mit dem mobilen Gerät synchronisiert und man hat die Sachen immer dabei.

Meine Gründe von BibDesk auf Papers umzusteigen waren hauptsächlich folgende:
1) BibDesk verwaltet Referenzen, Papers auch die dazugehörigen Dokumente.
2) Im Laufe der Zeit habe ich wirkliche Probleme bekommen Artikel aufzufinden, da weder eine Benennung mit Autor+Jahr oder Autor+Titel+Jahr praktikabel waren. Dann kam noch die Unterteilung in Ordner. Mache ich themenbezogene Ordner oder sortiere ich nach Autoren oder gar nach Jahren? Bei Papers kann ich sortieren wonach ich will und ich kann mir intelligente Ordner anlegen. Im Endeffekt also ein iTunes für Artikel/eBooks.

 

[quarx]

Danke für die Papers-Werbung, das muss ich mir wohl mal genauer anschauen. Leider ist die Lösung mit Papers nicht plattformunabhängig, d.h. ich kann meine Datenbank nicht mit Kollegen gemeinsam nutzen, die unter Linux arbeiten.

 

[waldfee]

Ich habe über längere Zeit auch Papers genutzt, bin aber gerade auf Bookends umgestiegen wegen der Möglichkeit des Einbindens in Pages / Mellel. Für den Austausch der PDFs mit Kollegen nutze ich seit Kurzem Mendeley. Es ist kostenlos (solange man mit dem zur Verfügung gestellten Space klar kommt) und es lassen sich gemeinsam genutzte Ordner anlegen. Es ist nicht perfekt wird aber ständig weiter entwickelt. Außerdem habe ich quasi ein Online-Backup der Datenbank, wenn ich mal von einem anderen Rechner aus arbeiten muss. Auf meinem MacBook lasse ich Mendeley den Bookends-Ordner "beobachten", d.h. wenn ich etwas zu meinem Bookends hinzufüge wird es sofort in mein Mendeley unter "unsorted" eingepflegt. Ich vermute, dass man auf die gleiche Art und Weise auch Ordner von Kollegen im Netzwerk "beobachten" könnte. Ich habe zwar noch nicht das Vertrauen zu Mendeley gehabt, ihm meine ganze Datenbank anzuvertrauen (deshalb ist diese in Bookends eingepflegt), aber ich finde, dass es viele praktische Funktionen hat gerade bzgl. des plattformunabhängigen Arbeitens...

 

[catty4mac]

@ Waldfee: Was du über Mendeley schreibst hört sich sehr gut an. Hast du schon mal Zotero getestet und kannst vielleicht ein paar Vergleiche ziehen? Ich quäle mich momentan ziemlich damit und wäre um eine bessere Alternative sehr dankbar.

 

[waldfee]

@catty4mac: war gerade auch da
Du kannst auf jeden Fall Mendeley testen, ohne sofort "umsteigen" zu müssen: Mendeley hat nämlich eine Extra-Funktion zur Integration von Zotero, d.h. 1) übernimmt Mendeley sofort alles, was du in Zotero hast 2) wenn du weiterhin mit zotero arbeitest, werden hinzugefügte Dateien / Referenzen in Mendeley übernommen. Wird in Mendeley als "Collection" angelegt - aufgemacht - alles da. Schon toll.
Was Zotero auf jeden Fall besser kann, ist das Speichern von Webseiten, bzw. wenn man z.B. über crossRef eine ganze Liste von Referenzen hat, dass man die ankreuzen kann und dann alles fein säuberlich übernommen wird. Das ist mit Mendeley wesentlich mühsamer (das mache ich dann auch über zotero, also quasi indirekt). Mendely ist dann stärker wie Sente / Bookends, mit Notizen / Markieren u.ä.
Ich muss jetzt leider ganz schnell los, entschuldige die Kürze...

 

[catty4mac]

Vielen Dank für Deine Infos, die waren für eine Kurzversion doch ziemlich ausführlich.Ich werde Mendeley auf alle Fälle testen, ob ich das am Wochenende schaffe, weiß ich noch nicht (ist ja schließlich für die Arbeit ).
Bisher war ich von Zotero ganz begeistert. Der Import ist super, auch die Einbindung in Firefox ist sehr praktisch. Man kann übrigens auch Pdfs mit Drag&Drop importieren, Zotero kann dann die Metadaten auslesen. Aber genau da bin ich an die Grenzen gestoßen. Ich habe von einer Kollegin hunderte (!) Dateien bekommen, die nun über unsren Server verwaltet werden sollen, die erste Synchronisation hat dann FF gleich mal für 2h lahmgelegt.
Ich werde berichten, wie ich mit Mendeley zurecht komme.

 

[waldfee]

@catty4mac: Ich fand zotero auch erstmal richtig gut und der Import ist sogar genial. PDFs incl. Metadaten habe ich auch ausprobiert, war echt o.k.
Aber irgendwie wurde es schnell unübersichtlich. Mendeley zwingst du nicht so schnell in die Knie... letzte Woche haben meine Kolleginnen ihre Datenbank von Endnote zu Mendely kopiert. Es sind etwa 1400 Referenzen, ca. die Hälfte davon incl. PDF. Hat einwandfrei funktioniert.
Mendeley hatte in der vorletzten Version eine geniale Funktion, die alleine wäre es wert gewesen, auf das System umzusteigen: wenn man ein PDF betrachtet hat, konnte man rechts (so wie jetzt auch) sich die Dokumenten-Details (=Metadaten) und die Notizen anzeigen lassen UND zusätzlich die Referenzen, die aus dem PDF ausgelesen worden sind. War was Interessantes dabei, konnte man es per drag&drop in das eigene Verzeichnis kopieren. Leider wurde die Funktion (wohl vorübergened) entfernt, weil sie noch nicht optimal funktioniert hat. Ich fand sie genial und habe im Forum dafür gevotet, dass sie wieder kommt...
Wir können uns in unserer Arbeitseinheit nur nicht entscheiden, ob es besser ist eine Shared Collection zu machen oder dass jede(r), einen gemeinsamen Ordner im Netzwerk beobachtet, und wenn da was hibzugefügt wird, jede(r) selbst entscheidet, ob´s wichtig ist oder nicht...

 

[catty4mac]

@Waldfee: Ich denke, ich habe Mendeley jetzt ausreichend getestet, um ein kleines Feedback zu geben. Mir gefällt es sehr gut, ich werde es auch in Zukunft kombiniert mit Zotero nutzen. Mit Rücksicht auf meine Kollegen, werden wir aber nur ein Programm benutzen. Das wird Zotero sein, da wir die Daten über WebDAV auf unsrem Server synchronisieren können. Der Flaschenhals ist in unsrem Fall wahrscheinlich der langsame Upload. Aber wenn mal das Gros drauf ist, wird es dann auch keine größeren FF-Aussetzer mehr geben.
Im Übrigen finde ich es sehr vorbildlich, gleich von Anfang an bei der Diss die Literatur zu verwalten. Es erleichtert das Schreiben dann um einiges. Ich bin leider erst spät in den Genuss von EndNote gekommen und musste mich während der letzten Versuche und des Schreibstresses einarbeiten.

Sehr schön für Diagramme ist übrigens auch Graphpad Prism, eigentlich eher ein Statistik- als ein Grafik-Programm und die Diagramme sind flexibler als z.B. bei Excel. Leider etwas arg teuer, aber die 30-Tage-trial reicht gut um incl. Einarbeiten ein paar aussagekräftige Grafiken zu erstellen.

 

[waldfee]

@catty4mac: Wir haben uns jetzt in der Arbeitseinheit auf Mendeley "eingeschossen", wobei ich wiederum zusätzlich zotero nutze, weil die Webintegration um Vielfaches besser ist. Als eigenes, persönliches Backup habe ich noch Bookends, wobei sich das alles gegenseitig synchronisiert, so dass ich trotz mehrerer Tools nur einmal den Arbeitsaufwand habe. Die Struktur ist mir aber von Anfang an sehr wichtig, ich habe zwischen Diplomarbeit und jetzt beginnender Promotion Artikel eingereicht, so dass ich mir den Workflow nach und nach erarbeiten konnte.

Danke für den Hinweis auf Graphpad Prism, werde ich mir auf jeden Fall genauer anschauen, weil ich in regelmäßigen Abständen auch Diagramme machen muss

 

[olnol]

In meiner Bachelorthesis nutzte ich BibDesk. Auf der Suche nach einem neuen/besseren Tool für meine Masterthesis bin ich auf dieses Forum gestoßen und teste gerade einwenig Mendeley. Der erste Eindruck ist sehr vielversprechend. Was mich bisher noch stört ist folgendes: PDFs per Drag&Drop hinzufügen klappt prima aber... wie funktioniert das ganze mit Websiten aus Safari heraus. Ich kann zwar den Link aus der Adresszeile problemlos in Mendeley per Drag&Drop hinzufügen. Doch das Tool erstellt keinen sauberen Eintrag. Es wird ein Eintrag mit dem Typ: Generic hinzugefügt, der Titel entspricht auch nicht dem was in Safari steht, es wird die URL nicht eingetragen und auch kein LastUpdated!

Ich weiß, es gibt den Webimporter. Allerdings wird die Seite dann zunächst auf dem Server gespeichert und ich muss in der Desktop-Anwendung erst syncen. Möchte eig. die Sync-Funktion nicht nutzen, da ich nicht weiß wie sicher die Daten auf dem Server sind (habe u.a firmeninterne PDFs).

Also ist es möglich ein ähnliches Verhalten wie beim Webimporter durch einfachen Drag&Drop des Links zu erreichen??
Für BibDesk gab es damals ein Zusatzskript, welches die aktuell geöffnete Seite als neuen Eintrag hinzugefügt hat.

Vielen Dank vorab!