Parallels sollte man von der Sicherung ausnehmen - also die virtuellen Platten, und diese jeweils mit einem zum dortigen System gehörenden Programm sichern. Denn für OS X ist jede VM nur eine einzige Datei, ergo wird auch bei nur einer Änderung von einem Byte die komplette VM komplett gesichert.
Die Ordnergröße, die du im Finder siehst, bringt nichts in Bezug auf deine Frage, denn Time Machine zeigt immer die Ordnergröße an, die der Ordner komplett hat, einschließlich der schon lange unveränderten, nicht extra ne gesicherten Daten. Also wenn du ein Verzeichnis mit 100 GB hast, dann in einer Datei was änderst, werden vielleicht 100 kB, vielleicht 10 MB neu gesichert, aber TM zeigt den Zustand an, den sie zurücksichern würde, also die kompletten 100 GB. Und das natürlich in jeder zurückliegenden Version.
Wieviel jeweils wirklich gesichert wird, siehst du nur, wenn du dir die TM-Systemeinstellung anzeigen lässt während der Sicherung.
Ich gebe allerdings zu, daß ich auch des öfteren rätsele, warum plötzlich ein paar GB gesichert werden.
Man sollte aber nicht vergessen, daß sicher auch etliche Dateien geändert und neu gesichert werden, die man selbst gar nicht geöffnet hat, die das system aktualisierte. Die komplette iTunes-Library etwa, auch wenn du nur einen Titel mal angehört hast (denn da wird die Anzahl und das 'zuletzt gespielt' gespeichert), und vieles mehr.
Außerdem: wenn FileVault aktiviert ist, wird natürlich immer das komplette Image des Userordners verschlüsselt am Stück gespeichert.