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[iMac] extrem langsamer Programmstart etc.

Ich denke auch, das ein Hardware Problem vorliegt.
Eine systemplatte formatieren ist eine wirkliche Ausnahme, beim normalen System installieren/updaten/Reparieren etc.. sind die Daten auch geschützt, das man eh ein Backup haben sollte steht in beiden Fällen, also keine Trennung und Trennung außer Frage, aber das ist deine Entscheidung, sofern dir die Einschränkungen, die die datenpartition erfährt egal sind.
Datensicherheit ist auf jeden Fall da kein grund.
 
Mal was anders... Hast du FileVault manchmal aktiviert?