My SQL installieren und benutzen aber wie?

[Skeeve]

Nun hätte ich gerne eine Möglichkeit diese Daten in sinnvoller und geordneter Weise zu speichern, wenn möglich so, dass ich darauf zugreifen und die Tabellen gegebenenfalls einfach ( mittels einer Benutzeroberfläche) modifizieren kann und sie darüberhinaus auch in ein Format bringen kann in dem sie von anderen Programmen gelesen werden können (bevorzugt Textfiles).

siehe

Mein Tipp wäre, das "Datenbank"-Modul von OpenOffice bzw. NeoOffice mal anzusehen. Das ist inzwischen gar nicht schlecht.

[…]

Was ich auch sehr interessant fand, war FrontBase, eine eigenständiges Datenbanksystem mit einer sehr rudimentären Oberfläche. Wenn man sich damit beschäftigt, kann das schon ausreichen, wenn sowieso eine "eigentliche" Anwendung da ist (was ist "R"?).

und

Ich bin also keine Hilfe, wenn ich Dir sage, daß Du Dich auf einem Holzweg befindest? Nagut! Dann lauf weiter in die Irre

Du kannst Dir natürlich sowas wie DBVisualizer laden und Dir damit Deine Datenbankinhalte ansehen, aber ob das abendfüllende Unterhaltung ist, darf doch bezweifelt werden

Lesetipp (nicht selbst angesehen) How to use MySQL

Wenn ich allerdings meine Daten in der DB auch ohne ein FrontEnd (sprich mit Terminal) verwalten und irgendwie da hinein und herausbekommen kann, soll mich das auch nicht stören.

siehe

Wenn Du die Daten auswerten und verarbeiten willst, dann brauchst Du etwas, daß das für dich macht UND das auf die Datenbank auch zugreifen kann.

Klar kann man einfach mal aufrufen:

$ [B]/usr/local/mysql/bin/mysql -u root[/B]
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 16
Server version: 5.0.51b MySQL Community Server (GPL)

Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.

mysql> [B]create database nonsense;[/B] [COLOR="DarkOrchid"]DB anlegen[/COLOR] 
Query OK, 1 row affected (0.01 sec)

mysql> [B]use nonsense;[/B] [COLOR="DarkOrchid"]und nutzen[/COLOR]
Database changed
mysql> [B]create table mumpitz[/B] [COLOR="DarkOrchid"]Tabelle anlegen[/COLOR]
    -> [B](nick varchar(40),[/B] 
    -> [B]kommentar varchar(256),[/B]
    -> [B]primary key (nick));[/B]
Query OK, 0 rows affected (0.09 sec)

mysql> [B]show tables;[/B] [COLOR="DarkOrchid"]Tabellenübersicht[/COLOR]
+--------------------+
| Tables_in_nonsense |
+--------------------+
| mumpitz            | 
+--------------------+
1 row in set (0.02 sec)

mysql> [B]describe mumpitz;[/B] [COLOR="DarkOrchid"]Tabellenbeschreibung[/COLOR]
+-----------+--------------+------+-----+---------+-------+
| Field     | Type         | Null | Key | Default | Extra |
+-----------+--------------+------+-----+---------+-------+
| nick      | varchar(40)  | NO   | PRI |         |       | 
| kommentar | varchar(256) | YES  |     | NULL    |       | 
+-----------+--------------+------+-----+---------+-------+
2 rows in set (0.00 sec)

mysql> [B]insert into mumpitz values('Skeeve','Klugscheisser');[/B] [COLOR="DarkOrchid"]Daten hinzufügen[/COLOR]
Query OK, 1 row affected (0.01 sec)

mysql> [B]insert into mumpitz values('Chrisbioblog','Anfaenger');[/B] [COLOR="DarkOrchid"]noch mehr[/COLOR]
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)

mysql> [B]select * from mumpitz;[/B] [COLOR="DarkOrchid"]Alle Daten anzeigen[/COLOR]
+--------------+----------------+
| nick         | kommentar      |
+--------------+----------------+
| Skeeve       | Klugscheisser  | 
| Chrisbioblog | Anfaenger      | 
+--------------+----------------+
2 rows in set (0.01 sec)

mysql> [B]select * from mumpitz where nick like "S%";[/B] [COLOR="DarkOrchid"]Daten suchen[/COLOR]
+--------------+----------------+
| nick         | kommentar      |
+--------------+----------------+
| Skeeve       | Klugscheisser  | 
+--------------+----------------+
1 row in set (0.00 sec)

mysql> [B]quit[/B]
Bye

und

How to use MySQL

Sollte ich nun irgendwie wieder mein Nichtwissen offenbart haben, dann möge man mir das in angenehmer Weise mitteilen.

Es geht nicht darum, daß Du etwas nicht weißt, es geht um Deine Grundhaltung: Du bist Dir zu fein, die gegebenen Tipps anzuwenden. Zumindest hoffe ich das, denn ansonsten müßte ich Dir wieder was attestieren, was mir die Höflichkeit verbietet hier auszuschreiben.

Soviel vom (Zitat) "Selbstdarsteller ohne echte Intention zu helfen" an die Diplombadebiologin, die mal wieder die Vorurteile meiner Frau den Biologen und anderen akademischen Medizinern gegenüber bestätigt. Aber auch das verbietet mir die Höflichkeit hier auszuwalzen

 

[drlecter]

Installiere dir MySQL (Im Forum findest du genug Anleitungen) Dann kannst du mit CocoaMySQL die Tabellen usw. erstellen. Mit MySQLAdministrator kannst du auch einen User erstellen, mit dem dann R die DB füttern kann. Du musst natürlich eine Datenbank erstellen und die Tabellen dann in dieser DB so anlegen, wie sie R braucht.

 

[Dinofelis]

Nicht böse sein, aber ich muss dich mal korrigieren. MySQL ist die Datenbank und es gibt dafür einfach keine Schnittstelle ala Access fertig. Das macht ein DBMS halt aus, es speichert Daten. ...
Access (wenn man das lokal verwendet) ist wie Filemaker und das DB Modul von OO ein eigenständiges System. Es bietet hier nur einen Werkzeugkasten zum erstellen von Formularen usw. Da muss man das auch selber machen.

Ja, das ist soweit klar. Ich hatte im Fall von Access auch eher die Verwendung von Access als Schnittstelle zu einer Backend-DBMS gemeint, was gut funktioniert und aus meiner Sicht die beste aller Welten für selbst-administrierende Anwender wie mich darstellt.

Ansonsten hat Skeeve im letzten Beitrag ja zusammengefasst, was es hier an Vorschlägen schon gab.

Edit: Danke übrigens für die Hinweise auf CocoaMySQL u.a. von drlecter. Mir hilft das sehr.

 

[drlecter]

Ich weiss nicht in wie weit man mit Access eine MsSQL einrichten kann (bzgl. Tabellen usw). Formulare und Abfragen ist soweit ja klar.

 

[chrisbiolog]

Ich fänds ganz nützlich wenn Du mal diese off-topic Kommentare unterlassen könntest.
Ich finde Du bist ein wenig unsachlich.
Schreib mir doch ne pn wenn Du was loswerden möchtest.

Also das eine hab ich gestern schon ausprobiert:

create database nonsense;
ERROR 1044 (42000): Access denied for user ''@'localhost' to database 'nonsense'

Da ich hier aber grad dringend was fertig machen muss, hab ich eben diese Problemlösung auf später verschoben. Da ich mich ja erst selbst informieren soll.
Das werde ich hiermit auch tun und sehe diesen thread von meiner Seite aus als beendet an.

Ausserdem hab ich jetzt Filemaker (ich weiss, ist nicht das gleich wie MySQL) Trial runtergeladen und wollt nicht gleichzeitig auch noch OpenOffice ausprobieren.

Der letzte Post diente eigentlich nur dazu, die unbeantworteten Fragen von drlecter zu beantworten.

B.

 

[Dinofelis]

Ich weiss nicht in wie weit man mit Access eine MsSQL einrichten kann (bzgl. Tabellen usw). Formulare und Abfragen ist soweit ja klar.

Ich meine Einrichtung der Datenbankstrukturen mit einem anderen System. Access nur für Formulare und Abfragen. Wie gesagt, was OpenOffice in dieser Hinsicht inzwischen bietet ist auch nicht schlecht, aber da weiß ich nicht, wie es um die Anbindung steht.

 

[drlecter]

Der Fehler steht ja da. Ganz am Anfang stand ein link wie man die DB installieren muss. Im Forum war noch eine Anleitung dazu. Du musst erst einmal die Benutzer anlegen (MySQLAdministrator bietet eine schöne Oberfläche an). Unter Tiger musste ich glaube ich, das Rootpasswort einmal von der Console aus setzen, bzw. das InitScript (bin/mysql_install_db aus dem mysql Installationsverzeichnis) einmal von Hand ausführen.

 

[Skeeve]

Schreib mir doch ne pn wenn Du was loswerden möchtest.

Was wäre ich für ein (Zitat) "Selbstdarsteller", täte ich dies? Irgendwie muß ich doch Deine Erwartungshaltung befriedigen.

Also das eine hab ich gestern schon ausprobiert:

Du bist sicher, den User "root" beim Aufruf mit angegeben zu haben? Wenn Du das tatsächlich hast, und noch nie etwas auf das MySQL losgelassen hast, dann solltest Du mal /usr/local/mysql komplett löschen und das Päckchen neu installieren. Terminal öffnen und dann:

$ sudo -s
[I](Dein Passwort eingeben. Es erscheint nichts, auch keine *)[/I]
# rm -rf /usr/local/mysql

[…] und sehe diesen thread von meiner Seite aus als beendet an.

Macht ja nichts. Vielleicht hilft mein Hinweis ja jemand anderem…

 

[Skeeve]

Der Fehler steht ja da. Ganz am Anfang stand ein link wie man die DB installieren muss. Im Forum war noch eine Anleitung dazu. Du musst erst einmal die Benutzer anlegen (MySQLAdministrator bietet eine schöne Oberfläche an). Unter Tiger musste ich glaube ich, das Rootpasswort einmal von der Console aus setzen, bzw. das InitScript (bin/mysql_install_db aus dem mysql Installationsverzeichnis) einmal von Hand ausführen.

Nö. Wenn man das aktuelle 5.0er MySQL Päckchen mit Installer verwendet, ist das nicht nötig. Allerdings ist dann auch die Sicherheit suboptimal. Aber solange es für den "Hausgebrauch" ist, würde ich mir keinen Kopf darum machen. Falsch. Mache ich mir keinen Kopf darum. In meiner letzten MySQL Installation habe ich erst dann ein root passwort gesetzt, als die Anwendung zwingend ein Passwort verlangte.

 

[tjp]

Flame

Die Postings #32 und #33 finde ich dagegen unmöglich.

Ich finde solche Rechtfertigungen für unpassenden Verhalten vollkommen inakzeptabel.

[Edit]Ersetze er durch sie[/Edit]
Warum ist das Verhalten von "chrisbiolog" so ziemlich daneben?
Erstens er hat irgend ein Problem mit Excel und will deshalb es nicht mehr verwenden. Nur was für Sachen er mit Excel macht und warum es ihm nicht mehr ausreicht, daß freilich verrät er hier niemanden. Blick in die Glaskugel: Das übliche Problem beim Verarbeiten von Meßwerten mit Excel ist, daß man Zeitreihen nur mit maximal 65536 Werten verarbeiten kann - ein schlechter Witz.
Dann schreibt er was von R, ein Programm zum Auswerten von Meß- oder Statistikdaten im Batchbetrieb. Und gleichzeitig will er MySQL installieren. Wieso, weshalb warum verrät er aber auch nicht. Dafür mault er herum es würde ihm niemand helfen. RFTM ist im Falle von R unerläßlich, da man damit nicht mal eben so Lösungen zusammenbauen kann. R hat eine eigene Programmiersprache und muß auch genauso gehandhabt werden. Ja, man kann Meßdaten in MySQL ablegen und mit R verarbeiten, nur ob das für ihn zielführend ist, daß kann hier niemand sagen, denn über sein Problem redet er schlicht nicht. Vielleicht wäre ihm ja auch mit einer richtigen Meßdatenauswertungssoftware wie etwa IgorPro mehr gedient?

Um ihm eine kompetente Antwort zu geben, muß er einfach beschreiben was er machen will. Und zwar nicht irgend welche Pseudolösungen die sich schon zusammengereimt hat. Und eine Grundvorraussetzung dafür ist, daß man die Personen, von denen man sich Hilfe erwünscht, nicht dumm anmacht.
[Edit]Warum regt das Verhalten hier einige so auf? Wenn man ein Problem hat und sich Hilfe von anderen erwünscht, dann ist das Mindeste, daß man erstens sich nicht darüber beschwert, wenn es Beiträge gibt, die nicht unmittelbar zum Ziel führen, und desweiteren ist ein Mindestmaß an Eigeninitiative aufzubringen. Es gibt viel zu viele da draußen im Netz, die sich von Online Foren die Lösungen ihrer Hausaufgabe in naturwissenschaftlichen Fächern oder die Lösung von Problemen in ihrem Job gern umsonst erledigen lassen wollen. Leider ist das ein Problem was weit verbreitet ist.[/edit]


@dinofelis
Wenn wirklich Meßdaten verarbeiten will, dann ist Filemaker so ziemlich ein Griff ins Klo, da Filemaker zu den üblichen Verdächtigen der Meßdatenauswertung sich nicht sonderlich kooperativ verhält und Filemaker dafür nicht geeignet ist. Große Zeitreihen wird man niemals von Hand eingeben, dafür gibt es in den Laboren mittlerweile passende Soft-, Hardwarekombinationen. Entweder speichern die Geräte in einem der bekannten Formate CSV, HDF5, NetCFD, … ab, oder sie schreiben die Meßdaten gleich in ein RDBMS (MySQL, &Co.) weg.

Das GUI für Filemaker ist im Grunde für Meßdatenauswertung überflüssig, denn brauchbare Programme mit GUI zum Entwerfen einer Datenbank gibt es ziemlich zahlreich. Einige Empfehlungen für Programme, die mit MySQL zusammenarbeiten können, hat er in diesem Thread schon bekommen. Und Werkzeuge wie R erzeugen die Diagramme direkt aus den Skripten selbst. Der Vorteil dieses Vorgehens ist es, daß man diese Vorgänge automatisieren kann und somit viele Meßreihen einfach auswerten kann.

 

[drlecter]

Skeeve: Danke für die Info. Da ich auf dem Notebook generell unterwegs bin und auch darauf entwickel, setze ich aus Prinzip immer ein Passwort Ist halt eine Angewohnheit noch aus alten Zeiten.

 

[jesfro]

... Warum ist das Verhalten von "chrisbiolog" so ziemlich daneben?
Erstens er hat irgend ein Problem mit Excel und will deshalb es nicht mehr verwenden. ...

Der "Er" ist eine "Sie"...

 

[tjp]

Der "Er" ist eine "Sie"...

Da verkneift mann sich besser jeden Kommentar dazu.

 

[quarx]

Ich finde solche Rechtfertigungen für unpassenden Verhalten vollkommen inakzeptabel.

Anscheinend beurteilen wir beide den Verlauf des Threads vollkommen anders. Tut mir leid, aber ich habe nicht den Eindruck, dass die Threadopenerin sich unkonstruktiv verhalten hat. Die genaueren Informationen zum Problem kamen doch, wenn auch auf Nachfrage. Dass es leichte Irritationen beim Beantworten der Nachfragen gab, sehe ich der TO nach. Die Art und Weise der Kritik daran ("Entschuldige Dich gefälligst", "sozial inkompetent") finde ich nach wie vor überzogen.

 

[chrisbiolog]

Er, sie, es was spielt das für eine Rolle.

Um Eure Neugier zu befriedigen: Es handelt sich u.a. um Datensätze mit allen Arten unterschiedlicher Variablen (hier Merkmale), die z.B. mit R und z.B. mit der Berechnung verschiedener Dissimilarity Indices, glms oder eines randomForest Verfahrens analysiert werden.

Der Dokumentation wegen muss ich nun jeden anaylsierten Datensatz irgendwo aufbewahren.
Da diese Datensätze sehr häufig modifiziert werden und jede modifizierte Variante irgendwo abgelegt werden muss, sammelt sich rasch, eine recht unübersichtliche Menge von Datensätzen an.
Im Falle von Distanztabellen übersteigt dies tatsächlich häufig di Kapazität der in Excel verwendeten Tabellenblätter. Ausserdem sammelt sich eine Menge an Tabellen an, die ich nicht unmittelbar nutze, die aber itrgendwo gesittet aufbewahrt werden sollen.

Zusätzlich gibts da dann noch einige Datensätze, die Phylogenidaten (stammesgeschichtliche Daten in Form eines Baumes) enthalten, die ich dann beispielsweise mit einem System genannt Mesquite das Merkmalsevolutionen rekonstruiert auswerte.

Dazu kommen noch diverse andere, meist kommandobasierte Programme wie PAUP oder Bayestraits, die in der Lage sind Datensätze unter evolutionären Fragestellungen zu analysieren.

Da ich nun mal in einem naturwissenschaftlichen Bereich arbeite, in dem der Konkurrenzdruck nicht gerade gering ist, sehe ich mich nicht in der Lage meine Arbeit detailliert in einem Forum darzulegen, dass man mit allen erdenklichen Suchbegriffen ergoogeln kann.

Ich hoffe ja irgendjemand von Euch ist in einer ähnlichn Situation und versteht mich diesbezüglich.

B.

 

[chrisbiolog]

Sorry da hab ich doch glatt nochwas vergessen.

Ich arbeite nicht im Labor und alle Daten die ich verarbeite wurden von Hand: gezählt, gemessen oder was auch immer und ebenso von Hand aufgeschrieben abgesehen von den Phylogenien, die ja eigentlich aus dem Sequenzierer stammen.

Filemaker wollt ich mir eh schon länger anschauen, im Hinblick auf eine Datenank für wissenschaftliche Artikel.
Im übrigen hab ich die ersten Tabellen eben in MySql gesteckt ob Ihr das jetzt für einen Holzweg haltet oder nicht.

B.

 

[drlecter]

Für einen Holzweg halte ich das nicht. Es fehlte halt am Anfang das Problem Du kannst auch relativ schnell eine Webmaske für die Abfragen basteln wenn Auswertung anliegen.

 

[chrisbiolog]

Danke drlecter und sorry dass ich nochmal off-topic anmerken muss:

In diesem thread wurde nun

mein Einsatz:

Ich habe genug Geduld mit Leuten, die sich zumindest ansatzweise darum bemühen, die Lösung selbst zu finden.

desweiteren ist ein Mindestmaß an Eigeninitiative aufzubringen.

Meine Sozialkompetenz:

Ein Beweise für deine Sozialkompetenz ist dies jedenfalls nicht.

meine erklärenden Fähigkeiten:

Dein Problem ist, dass Du Dein Problem nicht richtig beschreiben kannst.

meine Berufe:

Diplombadebiologin, die mal wieder die Vorurteile meiner Frau den Biologen und anderen akademischen Medizinern gegenüber bestätigt.

meine Urteilsfähigkeit:

Und zwar nicht irgend welche Pseudolösungen die sich schon zusammengereimt hat.

und mein Geschlecht:

Zitat:
Zitat von jesfro
Der "Er" ist eine "Sie"...

auf persönlichste Art und Weise von mehreren Menschen gleichzeitig und unter Beteiligung eines admin
angegriffen.
Da kommt mir doch spontan der Begriff "mobbing" in den Sinn.

Ich finde es in diesem Falle sehr traurig, dass so wenige Menschen, in der Lage sind, meine bisher durchweg positiven Erfahrungen in diesem Forum, durch Ihr unsachliches Verhalten beim Beantworten einer Frage, so verblassen zu lassen.

B.

 

[jesfro]

Ich habe tjp lediglich darauf hingewiesen, dass er fälschlicher Weise immer "Er" schrieb. Mir liegt es fern, daraus irgendwelche Wertungen abzuleiten.

Ich würde auch darum bitten, dass du mich insoweit korrekt zitierst, denn ich habe den Zusatz "Da verkneift mann sich besser jeden Kommentar dazu" nicht getätigt. Das ist ein Zerrbild. Diese Haltung weise ich von mir.

Zu dem "Dein Problem ist, dass Du Dein Problem nicht richtig beschreiben kannst" stehe ich voll und ganz. Erst recht, nachdem Du ja darauf hingewiesen hast, dass Du aus triftigen Gründen nicht komplex über die Problematik sprechen möchtest. Durch Deine Erläuterung ist das soweit verständlich geworden.

EDIT: Ich habe das Zerrbild editiert!

 

[Skeeve]

In der Aufzählung fehlte leider noch "Hang zu Paranoia"