Das mit iTunes ist ein zweischneidiges Schwert. Die einen mögen es, die anderen nicht.
Ich finde aber auch wenn iTunes bestimmt irgendwo seine Baustellen hat, gibt es keine bequemere Möglichkeit, seine Musik zu verwalten.
Lass iTunes einfach machen. Gerade wenn du dabei bist, deine MP3s zu taggen. Das kannst du nämlich ganz wunderbar mit iTunes machen, und das beantwortet auch deine Frage, ob es ein entsprechendes Tool für Mac gibt. Ja, gibt es mit Sicherheit, aber das geht alles in iTunes, und zwar kinderleicht. Einfach in iTunes die MP3s markieren und im Info-Fenster (CMD + i) die Tags eingeben wie du willst.
Was iTunes im Hintergrund macht ist übrigens nichts anderes als das, was andere manuell im File-Explorer machen (was ja soooo viel einfacher ist). iTunes legt, genau wie es jeder per Hand macht, für jede Band einen Ordner bzw. für jedes Album einen Unterordner an, wo die MP3s drin gespeichert werden. Alles ganz frei zugänglich via Finder. Nur, dass du dir eben viele Arbeitsschritte sparst, wenn du iTunes einfach machen lässt.
Das mit NTFS ist nunmal so eine Sache. Man kann keinem von beiden einen Vorwurf machen, dass die ihr eigenes Format verwenden. Allerdings ist OS X wenigstens noch in der Lage, NTFS zu lesen. Dass Windows neuerdings auch HFS lesen kann, ist mir neu. Meine Festplatte wurde letztens von meinem Windows 10-PC nicht gelesen.
Anders ist das nur, wenn man Windows via Boot Camp installiert. Dann kann man von Windows aus auch auf die OS X-Partition zugreifen. Das liegt dann aber daran, dass Windows dank der Boot Camp-Treiber HFS lesen kann.
Da gibt es aber seit Yosemite eine kleine Änderung. Seitdem hat OS X nämlich kein normales HFS mehr, sondern coreStorage. Deswegen kann man auch mit Windows 10 nicht mehr auf die OS X-Partition zugreifen, wenn man mindestens Yosemite installiert hat.
Um das zu ändern muss man seine Partition von coreStorage zurück zu HFS ändern. Das geht via Terminal.
Ansonsten find ich das mit den unterschiedlichen Formaten aber nicht so tragisch. In der Uni sind Mac- und Windows-User ungefähr gleichermaßen verteilt und da ist das gängige Praxis, dass der Stick entweder aus zwei Partitionen besteht, oder eben einfach nur FAT32. Das kann dann von beiden Systemen gelesen werden. Das ist dann im schlimmsten Fall mal eben für 2 Minuten lästig, aber ich hab noch nie eine Situation erlebt, in der man richtig aufgeschmissen war.